かなりレアなケースなのでタイトルだけからは分かりにくいかもしれませんが、たとえば他道府県に本店を設置して他道府県知事免許で不動産業を営業していた会社さんが、本店を東京都に移転させるのと同時に、それまで本店だった場所を支店（または従たる事務所）として大臣の宅建業免許を取得するというケースです。
以下、簡単にご説明しますが、もともと行政庁や業協会も戸惑うことの多い手続きであるため、歯切れの悪いものになってしまうことはご容赦ください。
知事の免許換えではなく大臣免許換え
冒頭のようなケースでは、まず他道府県知事から東京都知事の宅建業免許へ知事の免許換えを行うのではなく、東京都に本店、埼玉県に支店（または従たる事務所）を置いた状態での大臣免許への免許換え手続きを行うことになります。
本店移転に伴い都知事免許への免許換えを経ることなく、直接、大臣免許の申請を受理してもらうことが（少なくとも東京都においては）可能だからです。
※逆に言えば、移転先・移転元がどの都道府県であるかによって、知事免許を経由できない可能性もありえます。この点は、予め行政庁へ確認をとって手続きを進めてください。
この際、大臣への免許換えという手続きは、通常の行政手続きとなるため面倒はそれほど生じないかと思います。しかし、既に業協会へ加入している不動産業者さんは、業協会や保証協会の手続きでかなり時間を要する可能性も十分ありえます。（これもどの都道府県か、全宅さんか全日さんかによって結構変わります）
たとえば全宅さんを例にすると、もともと本店のあった場所で加入している業協会は、正会員から準会員への変更届が可能である場合と、正会員を退会して準会員として入会し直す場合が考えられます。
また、新たに本店を移転する東京都の側は、新規に正会員として入会することになりますが、分担金については以前の都道府県で納入済みであるため、この分担金の部分は東京都へスライドさせる手続きを要することになります。（そのため、新規に入会するといっても、（業協会ではなく）保証協会加入にかかる費用や分担金は、新たに納める必要はなくなります）
営業を継続させるために別の手続きを選択することもありうる
繰り返しになりますが、もとの都道府県と移転先の都道府県、そしてどの業協会に加入しているかによって、手続きの内容や順番がかなり異なることがあります。
そのため、要する手続きの流れ等によっては、本店・支店（従たる事務所）いずれかの営業が数か月行えなくなる可能性も生じます。
そこで便宜上、営業を継続しやすくなるために別の手続きを選択される不動産業者様もいらっしゃいます。たとえば、本店を東京都に移転するのではなく、東京に支店（従たる事務所）を設置して大臣免許への免許換え手続きを行ったり、あるいは東京都に本店を移転する際、都知事免許間での免許換えを行い、都知事免許が発行されてから以前本店だった場所に支店（従たる事務所）を設置したりと、次善の策で対応することもあるようです。
本店と支店（従たる事務所）、どちらで営業を継続したいのか、どちらの事務所が先に営業開始に至るのが希望なのか、その点をしっかり行政庁にも説明しながら、よりデメリットの少ない手続きを検討してください。
宅建業免許の取得に限らず、不動産会社設立や本店移転、支店設置、専任取引士の変更、増資、不動産登記、契約書など、不動産業に関わる様々な手続きのサポートを行っています。
